פעילות קומט את פרוגרס מתרכזת במרכז לוגיסטי מודרני הממוקם בפארק התעשייה חבל מודיעין, הנמצא בסמוך ליישוב שוהם בצמידות לכביש 1 ולכביש 6. שטחו הכול של המרכז הלוגיסטי הוא 5,000 מ"ר הכוללים מחסן בשטח של כ-3,800 מ"ר ובו מידוף לאחסנה עד לגובה של 13 מטר, מרכז הדרכה ומשרדי הנהלת החברה.
קליטת הפריטים וניפוקם מתבצעים בצורה ממוחשבת בעזרת מסופונים וציוד ליקוט ייעודי תוך שימוש בתוכנות ניהול מחסן (WMS) מתקדמות.
המחסן כולל שני רציפים ייעודיים לקליטת מכולות ושבעה רציפים להפצה. כמעט כל ההזמנות המתקבלות בחברה נשלחות ללקוחות ביום קבלתן, כאשר לאיזורים רבים קיימים גם מספר סבבי הפצה מדי יום.